横長画面のクロップ(補足:メタデータ全コピ)

640×480(4:3)の動画中央に16:9の動画が入っていて上下が黒帯の場合
16:9の動画の縦横サイズは640×360になります。また上下の帯幅はそれぞれ60です。

ffmpeg -i video43.mp4 -vf crop=640:360:0:60 video169.mp4

参考:ffmpeg クロップ (トリミングみたいな)の方法 -vf crop|ffmpeg 使い方 ⇐ Linux. リナックス. ヒト ノ タメ ノ.

おまけ:某45分番組をクロップさせた結果

time cpulimit -l 200 -- ffmpeg -i input.mp4 -vf crop=640:360:0:60 output.mp4
ffmpeg version 3.0 Copyright (c) 2000-2016 the FFmpeg developers
  built with Apple LLVM version 7.0.2 (clang-700.1.81)
  configuration: --prefix=/usr/local/Cellar/ffmpeg/3.0 --enable-shared --enable-pthreads --enable-gpl --enable-version3 --enable-hardcoded-tables --enable-avresample --cc=clang --host-cflags= --host-ldflags= --enable-opencl --enable-libx264 --enable-libmp3lame --enable-libxvid --enable-libvorbis --enable-librtmp --enable-openssl --enable-nonfree --enable-vda
  libavutil      55. 17.103 / 55. 17.103
  libavcodec     57. 24.102 / 57. 24.102
  libavformat    57. 25.100 / 57. 25.100
  libavdevice    57.  0.101 / 57.  0.101
  libavfilter     6. 31.100 /  6. 31.100
  libavresample   3.  0.  0 /  3.  0.  0
  libswscale      4.  0.100 /  4.  0.100
  libswresample   2.  0.101 /  2.  0.101
  libpostproc    54.  0.100 / 54.  0.100
 :
real	39m22.622s
user	76m41.637s
sys	1m33.234s

user のほうが多い…?

Real time < User CPU time となるケース

マルチスレッドプログラムや fork しているプログラムで表示される CPU タイムは、マルチスレッドで言えば、スレッド全体、fork であれば親子の CPU time を合算したものが利用されます。
例えば、マルチコアなマシーンで、マルチスレッドプログラムを実行すると、 Real time < user CPU time となることもあります。

real time/user CPU time/system CPU timeの違いをメモ | Siguniang's Blog

ああ200%で働いていたと言うことはほぼほぼ2 CPU フル稼働だから、実稼働時間のほぼ倍が user time になってるってことですね。
(それにしても変換に時間かかったなあ…)
おまけ2:300%にした場合

real	30m2.981s
user	81m2.881s
sys	1m31.915s

実時間でも30分か…。

メタデータ全コピ

-map_metadata 0を使います。入力ファイル指定の後ろであればどこに入れても良いと思います。

ffmpeg -i video43.mp4 -map_metadata 0 -vf crop=640:360:0:60 video169.mp4

参考: