ID3タグのバージョンはやはりID3v2のバージョン3(2.3)でUTF-16が無難

多分。多数派(Win)を優先しておく。
参考:
MP3 ID3タグの文字エンコードはUTF-16がよいらしい (r271-635)
およびリンク先のリンク。

ffmpegでの設定ポイント

 -i 入力ファイル名

のあとに-metadataオプションを入れる。-iオプション以前の-metadataオプション指定は無視される。
さらに-metadataオプションと共に以下のオプションを入れておく。

 -id3v2_version 3

やはりコレも-iオプション以降に置く必要がある。
参考:
http://jonhall.info/how_to/create_id3_tags_using_ffmpeg
さらに↓だとオプションのもっと詳しい書き順解説がある
http://jonhall.info/how_to/dump_and_load_metadata_with_ffmpeg

Windowsではffmpegのデフォルト(ID3v2バージョン4)だと表示されず

FFmpeg metadata not showing in Windows? - Super User